Isolement et caractérisation moléculaire de l'influenza virus D chez les veaux de boucherie / Sarah-Laure Grenon ; sous la direction de Gilles Meyer

Date :

Type : Livre / Book

Type : Thèse / Thesis

Langue / Language : français / French

Médecine vétérinaire

Appareil respiratoire -- Infections

Bovins -- Maladies

Influenzavirus

Bovins de boucherie -- France

Meyer, Gilles (1964-.... ; vétérinaire) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Université Toulouse 3 Paul Sabatier (1969-....) (Organisme de soutenance / degree-grantor)

École nationale vétérinaire (Toulouse) (Autre partenaire associé à la thèse / thesis associated third party)

Institut national polytechnique (Toulouse ; 1969-....) (Autre partenaire associé à la thèse / thesis associated third party)

Relation : Isolement et caractérisation moléculaire de l'influenza virus D chez les veaux de boucherie / Sarah-Laure Grenon ; sous la direction de Gilles Meyer / , 2019

Résumé / Abstract : Le virus influenza D (IDV) a été identifié en France en 2014 et est probablement impliqué dans les bronchopneumonies infectieuses (BPI) des jeunes bovins. Cette étude avait pour objectif la caractérisation moléculaire d’IDV en élevages de veaux de boucherie. A partir de 1890 prélèvements par écouvillonnage nasal, dont 383 testés par PCR, nous avons montré qu’IDV était fortement présent avec des différences de prévalence entre élevages selon le contexte épidémiologique. Le séquençage de 7 isolats a montré qu’ils appartiennent tous au sous-groupe génétique D / OK, qui est le seul qui circule actuellement à grande échelle en Europe. La distance génétique d’IDV entre élevages varie entre 0,2% et 1,4% selon les gènes, suggérant une très forte parenté entre les isolats récupérés en Région Occitanie et Rhône-Alpes-Auvergne. Finalement IDV est très fréquemment détecté en associant avec le coronavirus bovin et Mycoplasma bovis dans ces élevages, soulignant le rôle des coinfections.

Résumé / Abstract : Influenza D virus (IDV) was recently identified in France in 2014 and is probably involved in bovine respiratory disease (BRD) in young cattle. This study aimed at the molecular characterization of IDV in beef veal farms. From 1890 nasal swab samples with 383 of them tested by PCR, we showed that IDV was strongly present but with differences in prevalence between farms according to the epidemiological context. Sequencing of 7 isolates showed that they all belong to the D / OK genetic subgroup, which is the only one currently circulating widely in Europe. The genetic distance of IDV between farms varies between 0.2% and 1.4% depending on the genes, suggesting a very strong relationship between the isolates recovered in the Occitanie and Rhône-Alpes-Auvergne regions. Finally, IDV is very frequently detected in these farms in association with the bovine coronavirus and Mycoplasma bovis, highlighting the role of co-infections.