Rôle complexe de l'uridylation dans le métabolisme des ARNm chez Arabidopsis thaliana / Hélène Scheer ; sous la direction de Dominique Gagliardi

Date :

Type : Livre / Book

Type : Thèse / Thesis

Langue / Language : français / French

Catalogue Worldcat

Biologie moléculaire végétale

ARN messagers -- Métabolisme -- Aspect génétique

Séquençage à haut débit

Arabidopsis thaliana

Classification Dewey : 572.4

Classification Dewey : 572.8

Gagliardi, Dominique (1966-....) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Pfeffer, Sébastien (1974-....) (Président du jury de soutenance / praeses)

Weil, Dominique (1963-.... ; biologiste) (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Deragon, Jean-Marc (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Université de Strasbourg (2009-....) (Organisme de soutenance / degree-grantor)

École doctorale Sciences de la vie et de la santé (Strasbourg ; 2000-....) (Ecole doctorale associée à la thèse / doctoral school)

Institut de biologie moléculaire des plantes (Strasbourg) (Laboratoire associé à la thèse / thesis associated laboratory)

Résumé / Abstract : La dégradation des ARNm participe à la régulation de l’expression des gènes, régulation essentielle au développement et à la survie des organismes. L’uridylation des ARNm favorise leur dégradation et est un processus conservé chez la plupart des eucaryotes. Mes travaux de thèse ont porté sur la caractérisation de URT1, une TUTase responsable de l’uridylation des ARNm chez Arabidopsis. J’ai notamment établi une chaine d’interactions entre URT1 et des facteurs impliqués dans l’inhibition de la traduction. Ces interactions sont probablement conservées dans l’ensemble des plantes terrestres. De plus, je montre grâce à une méthode d’analyse par séquençage à haut-débit des extrémités 3’ d’ARNm candidats que le niveau d’expression de URT1 ou de différentes versions mutées ou tronquées peut contrôler les profils de distributions de taille des queues poly(A) uridylées et non-uridylées. De manière très intéressante, la modification de ces profils de distributions est associée à la répression de l’expression d’un gène rapporteur, sans modification de l’accumulation des ARNm correspondants. Mes résultats contribuent à une meilleure compréhension des rôles moléculaires de l’uridylation des ARNm chez Arabidopsis et ouvrent des perspectives nouvelles quant à la diversité des rôles de l’uridylation dans le métabolisme des ARNm.

Résumé / Abstract : RNA degradation is an essential step of gene regulation and is critical for development and survival of organisms. Uridylation of mRNAs triggers their degradation and is conserved in most eukaryotes. My PhD thesis is focused on the characterization of URT1, a TUTase responsible for the uridylation of mRNAs in Arabidopsis. I have identified a chain of interactions linking URT1 to factors involved in translation inhibition. Those interactions are likely conserved in all land plants. In addition, I show by 3’ RACE-seq, a method using high throughput sequencing to characterize the 3’ extremities of candidate mRNAs, that URT1 expression levels can control the distribution profiles of uridylated and non-uridylated poly(A) tails. Interestingly, the modification of these distribution profiles is associated to the repression of the expression of a reporter gene, without affecting mRNA steady-state levels. My results contribute to a better understanding of the molecular roles of mRNA uridylation in Arabidopsis and open new perspectives related to the diversity of the roles of uridylation in the metabolism of mRNAs.