Caractérisation des mécanismes d'altération des produits camés et de la mer par Brochothrix thermosphacta / Nassima Illikoud ; sous la direction de Monique Zagorec et de Emmanuel Jaffrès

Date :

Type : Livre / Book

Type : Thèse / Thesis

Langue / Language : français / French

Aliments -- Altération

Génomique comparative

Acétoïne -- Dissertation universitaire

Diacétyle -- Dissertation universitaire

Transcriptome -- Dissertation universitaire

Zagorec, Monique (1960-....) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Jaffrès, Emmanuel (1979-....) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Dion, Michel (1947-....) (Président du jury de soutenance / praeses)

Chassard, Christophe (1978-....) (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Champomier-Vergès, Marie-Christine (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Junelles, Anne-Marie (1961-....) (Membre du jury / opponent)

Université de Nantes (1962-2021) (Organisme de soutenance / degree-grantor)

École doctorale Écologie Géosciences Agronomie Alimentation (Rennes) (Ecole doctorale associée à la thèse / doctoral school)

Université Bretagne Loire (Autre partenaire associé à la thèse / thesis associated third party)

Résumé / Abstract : L.altération microbiologique des aliments entraîne des pertes économiques considérables. Elle résulte du développement et du métabolisme de microorganismes produisant des odeurs, flaveurs, textures ou des couleurs indésirables. Brochothrix thermosphacta, est l’une des principales bactéries d.altération des produits carnés et de la mer. Elle produit des métabolites responsables d.odeurs désagréables, variant suivant les souches, les aliments et les communautés bactériennes qui l’entourent. Nous avons évalué sa diversité génétique et phénotypique au sein d.une collection de souches issues de diverses origines écologiques. Différentes méthodes ont discriminé les souches en groupes distincts, révélant une diversité significative. Cependant, celle-ci n’est pas liée à l’environnement dont les souches ont été isolées. Quatre souches représentatives de cette diversité ont été analysées par génomique comparative. Le contenu génomique est similaire, les différences résidant dans le contenu en phages et/ou plasmides et en composants de surface qui peuvent contribuer à leur adaptation écologique. Des mutations ponctuelles peuvent être responsables des différentes capacités à produire des molécules d’altération. Une étude transcriptomique a montré que les gènes différentiellement exprimés lors de la croissance sur une matrice viande ou produit de la mer codent des fonctions importantes pour la croissance et la survie sur ces niches spécifiques. L’analyse du volatilome a montré que B. thermosphacta produit différentes molécules responsables d.odeurs désagréables qui varient suivant la matrice. Par conséquent, nous avons montré un effet matrice plutôt qu’un effet souche sur le potentiel d’altération de B. thermosphacta.

Résumé / Abstract : Microbial spoilage of food causes considerable economic losses worldwide. It results from the development and metabolism of microorganisms which produce undesirable odors, flavors, textures, or colors. Brochothrix thermosphacta is one of the main spoilage bacteria of meat and seafood products. It produces various metabolites responsible for off-odors, which seem to depend on strains, food type, and bacterial communities surrounding it. We assessed the genetic and phenotypic diversity of B. thermosphacta among a strain collection issued from various origins (seafood, meat, dairy products, and environment). Different methods were applied to discriminate strains into distinct groups, revealing a significant diversity. However, the intra-species diversity is not related to the environment strains were isolated from. . Four strains representative of intra-species diversity were analyzed by comparative genomics. The genomic content is similar and the only differences reside in phage and plasmid content and on surface components that may contribute to their ecological adaptation. Point mutations may be responsible for different abilities to produce spoilage molecules. A transcriptomic study showed that the genes differentially expressed on seafood or meat matrices encoded functions important for growth and survival on these specific niches. The volatilome analysis showed that B. thermosphacta produced different molecules responsible for off-odors that vary depending on the growth matrix. Therefore, we showed a matrix effect rather than a strain effect on the spoilage potential of B. thermosphacta.