Biodiversité et évolution des virus présents dans les métagénomes animaux / Diane Bigot ; sous la direction de Elisabeth Herniou et de Philippe Gayral

Date :

Type : Livre / Book

Type : Thèse / Thesis

Langue / Language : français / French

Langue / Language : anglais / English

Catalogue Worldcat

Génome

Transcriptome

Relations hôte-virus

Virus -- Ressources génétiques

Virus -- Classification

Génomique

Séquençage des acides nucléiques

Virus à ADN

Virus à ARN

Virus -- Reproduction (biologie)

Herniou, Elisabeth (1972-....) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Gayral, Philippe (1941-2007 ; professeur en parasitologie) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Boyer, Stéphane (Président du jury de soutenance / praeses)

Gourbal, Benjamin (1976-....) (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Piganeau, Gwenaël (1974-....) (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Gilbert, Clément (19..-....) (Membre du jury / opponent)

Failloux, Anna-Bella (Membre du jury / opponent)

Ogliastro, Mylène (Membre du jury / opponent)

Université de Tours (Organisme de soutenance / degree-grantor)

École doctorale Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant (Centre-Val de Loire) (Ecole doctorale associée à la thèse / doctoral school)

Institut de Recherche sur la Biologie de l'Insecte (Tours) (Equipe de recherche associée à la thèse / thesis associated research team)

Résumé / Abstract : Les virus font partie des entités les plus abondantes sur Terre, mais la diversité des virus est très peu connue puisque biaisée en faveur d’hôtes animaux d’intérêts sociétal, agronomique et économique. L’apport des nouvelles techniques de séquençage permet actuellement d’obtenir des informations qui étaient tout simplement inaccessibles. Le but de mon travail de thèse a été l’étude de la diversité virale présente au sein d’un grand nombre d’animaux non-modèles. Pour répondre à cette problématique il m’a fallu mettre en place une méthodologie analytique innovante de découverte de nouveaux virus par une approche de méta-transcriptomique. Ce travail i) montre que la méthodologie bioinformatique mise en place est pertinente, ii) permet de découvrir de nouveaux virus ayant des caractéristiques génomiques particulières relevant de nouveaux genres ou familles de virus, iii) révèle de nouveaux hôtes pour des virus appartenant à des familles virales très étudiées et iv) montre que la gamme d’hôte de virus connus peut être plus étendue qu’attendu grâce à un focus sur la diversité des virus d’hyménoptères. D’une manière plus globale, mon travail permet de combler quelques lacunes existantes dans les connaissances liées à l’étude de la diversité virale et met en évidence l’importance de l’étude des animaux non-modèles.

Résumé / Abstract : Viruses are among the most abundant entities on Earth, but the viral diversity remains mostly unknown as currently biased in favour of animals of social, agronomic and economic interest. Next Generation Sequencing technologies provide access to so far inaccessible information. The aim of my PhD thesis was the study of the viral diversity within a large range of non-model animals. To address this question I set up an innovative analytical framework to discover new viruses based on a meta-transcriptomic approach. This work i) shows that this bioinformatics method is efficient and powerful, ii) allows the discovery of new viruses with particular genomic organisations suggesting they belong to new virus genera of families, iii) uncovered new viruses from new hosts in well-known viral families and iv) shows wider viral host range than previously expected based on a particular focus on hymenopteran viral diversity. Overall, my work allows to fill some gaps in the knowledge of viral diversity and shows the importance of studying non-model animal species in virology.