Date : 2017
Type : Livre / Book
Type : Thèse / ThesisLangue / Language : français / French
Langue / Language : anglais / English
Poumon -- Cancer non à petites cellules -- Chimiothérapie
Hybridation in situ en fluorescence
Réaction de polymérisation en chaîne -- Dissertation universitaire
Classification Dewey : 610
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Résumé / Abstract : Le but de l’étude était de tester et d’améliorer l’efficacité du séquençage massif parallèle (NGS) à partir d’ARN basé sur des PCR multiplexes (RNA-seq) dans la détection des variants de fusion ALK par rapport à l’immunohistochimie (IHC) et l’hybridation in situ en fluorescence (FISH) dans des échantillons de cancer pulmonaire non à petites cellules (CPNPC). 53 échantillons fixés au formol et inclus en paraffine ALK-positifs en FISH et/ou IHC et 23 échantillons ALK-négatifs ont été testés par RNA-seq. Dans un 2e temps, un protocole associant le RNA-seq à une PCR ancrée multiplexe a été évalué sur 10 échantillons en échec après RNA-seq. Un résultat concluant par RNA-seq a été obtenu dans 75% des échantillons. Comparées à l’association IHC/FISH, la sensibilité et la spécificité du RNA-seq étaient respectivement de 80 et 100%. Dans les cas ALK-positifs en IHC et en FISH, le RNA-seq a détecté un réarrangement ALK dans 100% des cas. Le RNA-seq a été plus efficace pour les cas équivoques et/ou borderline en FISH et IHC que pour les cas discordants. Parmi les 10 cas considérés en échec après RNA-seq seul, l’ajout de la PCR ancrée a permis de détecter 3 transcrits de fusion dont un variant CLIP1(12)-ALK(20) jamais décrit auparavant. Au sein des patient traités par crizotinib, la survie sans progression médiane était allongée pour ceux présentant un variant 1 et 2 d’EML4-ALK par rapport à ceux arborant un variant 3a/b (314 vs 192 jours, p = 0,17). Le RNA-seq est efficace au diagnostic des réarrangements ALK des CPNPC et permet l’identification des transcrits de fusion qui pourraient constituer un marqueur pronostique chez ces patients.
Résumé / Abstract : The aim of the study was to test and improve the efficacy of an amplicon-based parallel RNA sequencing (RNA-seq) assay for ALK fusion transcript variants detection in comparison with immunochemistry (IHC) and fluorescent in-situ hybridization (FISH) in a cohort of non-small cell lung cancer (NSCLC) samples. 53 formalin-fixed paraffin-embedded ALK-positive samples by FISH and/or IHC and 23 ALK-negative cases were tested by RNA-seq. Subsequently, a protocol combining RNA-seq and an anchored multiplex PCR was evaluated in 10 samples unsuccessfully analyzed with RNA-seq alone. 75% of the tested samples were successfully analyzed by RNA-seq. RNA-seq sensitivity and specificity were of 80% and 100% respectively compared to IHC and FISH. In IHC- and FISH-positive samples, RNA-seq detected an ALK rearrangement in all cases. RNA-seq showed to be a promising rescue technique, especially for the equivocal and/or borderline-positive IHC/FISH cases (an ALK status could be assigned in 10/10 cases), less for IHC/FISH discordant cases (2/7 cases). Among 10 cases unsuccessfully tested by RNA-seq alone, anchored multiplex PCR allowed the detection of 3 fusion transcripts, one of which was never described (CLIP1(12)-ALK(20)). Median progression free survival was longer in crizotinib-treated patients harboring EML4-ALK variants 1 or 2 compared to variants 3a/b (314 vs 192 days, p = 0.17). RNA-seq appears to be effective for ALK rearrangement diagnostic in NSCLC and to be a promising rescue technique for equivocal and/or borderline cases. It also allows transcript variants identification which could be a pronostic biomarker in these patients.