Epidémiologie et diversité génétique des géohelminthes et des filaires du genre Mansonella sp. à l'interface homme-primates non-humains au Cameroun et au Gabon / Constant Sirima ; sous la direction de Michel Boussinesq

Résumé / Abstract : Les Primates non humains (PNH) sont infectés par de nombreuses espèces de parasites allant des protozoaires aux helminthes. La forte prévalence de certaines infections parasitaires chez les PNH peut faire de ces animaux des réservoirs de pathogènes potentiellement zoonotiques. Les Mansonella sp. font parties des filaires qui infectent les PNH, et M. perstans est très répandu en Afrique subsaharienne où vivent une forte population de PNH. L’observation microscopique de prélèvements de sang est la méthode de diagnostic standard de M. perstans. Cependant, l’un des obstacles majeurs du diagnostic des parasites sanguicoles chez les PNH demeure l’obtention d’un prélèvement sanguin. Avec des preuves obtenues en 2010 de la possibilité d’utiliser les matières fécales pour rechercher des parasites sanguicoles, nous avons émis l’hypothèse qu’il serait possible de détecter l’ADN de M. perstans dans les matières fécales des PNH, mais aussi que la présence d'ADN de filaires dans les fèces serait associée à des co-infections avec Oesophagostomum sp., Necator sp. En effet les géohelminthiases constituent une menace pour la conservation des animaux. De nombreux GH sont partagés entre les humains et les PNH : notamment Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris lumbricoides, les ankylostomes. Dans la deuxième partie de ce travail de thèse, nous avons étudié l’épidémiologie et la diversité génétique de ces GH chez des PNH sauvages vivant au Cameroun et au Gabon.Nous avons analysé les fèces de PNH collectés au Cameroun et au Gabon pour rechercher l’ADN de filaire du genre Mansonella sp., et de GH : Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris, ankylostomes. Nous avons également analysé des séquences de M. perstans obtenues à partir de prélèvements sanguins sur des patients souffrants de mansonellose au Cameroun. Nous avons obtenu 121 séquences identiques aux séquences de référence d’Onchocercidae. Les séquences cox1 se sont regroupé avec les séquences de M. perstans de référence, et celles de patients camerounais porteurs du filaire. Pour ce qui est de l’association entre la présence d’ADN de filaire dans les fèces et l’infection par Oesophagostomum sp. et Necator sp., elle a été statiquement significative que chez les gorilles. Les infections par Necator sp. étaient les plus fréquentes chez les gorilles, mais elles étaient également présentes chez les chimpanzés et chez un cercopithèque hocheur. Oesophagostomum a été observée fréquemment chez les gorilles, suivis des chimpanzés, des mandrills, et des mangabeys. La co-infection Necator et Oesophagostomum a été plus observée chez les chimpanzés et les gorilles. Seulement un gorille, un chimpanzé et un cercopithèque hocheur étaient infectés par Trichuris sp. Parmi les séquences de Necator, cinq variants différents (NH1–NH5) d’ITS2 ont été détectés. L’haplotype NH5 s’est regroupée avec une séquence de Necator sp. provenant d’un humain de la Centrafrique. Les séquences d’Oesophagostomum se sont regroupé en trois clades différents représentant probablement trois espèces distinctes infectant les PNH étudiés. Les séquences de Trichuris, se sont regroupé dans un clade contenant des séquences de T. trichiura et de Trichuris sp. provenant d’humains et de PNH.Pour conclure, nous avons détecté pour la première fois l'ADN de Mansonella sp. dans la matière fécale de PNH. Cette thèse apporte des données sur la prévalence et la diversité génétique des Mansonella sp et des GH chez les PNH du Cameroun et du Gabon. Ces données n’étant pas suffisantes, les recherches futures devraient utiliser plusieurs marqueurs moléculaires et la technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une meilleure identification, des espèces de Necator et d'Oesophagostomum infectant les PNH. Ces études doivent être élargies, non seulement aux animaux domestiques, mais aussi à la population humaine vivant en bordure des parcs.

Résumé / Abstract : Non-human primates (NHP) are infected with many species of parasites ranging from protozoa to helminths. The high prevalence of certain parasitic infections in NHP may make these animals reservoirs of potentially zoonotic pathogens. Mansonella sp. are among the filariae that infect NHP, and M. perstans is widespread in sub-Saharan Africa where there is a large NHP population. Microscopic observation of blood samples is the standard method of diagnosis of M. perstans. However, one of the major obstacles in diagnosing blood-borne parasites in HNPs remains to obtain a blood sample. With evidence obtained in 2010 of the possibility of using feces to test for blood-borne parasites, we hypothesized that it would be possible to detect M. perstans DNA in the feces of NHP, but also that the presence of filarial DNA in feces would be associated with co-infections with Oesophagostomum sp., Necator sp. Many soil-transmitted helminths (STH) are shared between humans and NHP: notably Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris lumbricoides, hookworms. In the second part of this thesis, we studied epidemiology and genetic diversity of these STH in wild NHP living in Cameroon and Gabon.We analyzed feces of NHP collected in Cameroon and Gabon for DNA of filaria of the genus Mansonella sp. and of STH: Trichuris sp., Oesophagostomum sp., Ascaris, and hookworms. We also analyzed sequences of M. perstans obtained from blood samples of patients suffering from mansonellosis in Cameroon. We obtained 121 sequences identical to the reference sequences of Onchocercidae. The cox1 sequences were grouped with the reference sequences of M. perstans, and those of Cameroonian patients carrying the filaria. The association between the presence of filarial DNA in feces and infection with Oesophagostomum sp. and Necator sp. was statically significant only in gorillas. Necator sp. infections were most common in gorillas, but were also present in chimpanzees, and one greater spot-nosed monkey. Oesophagostomum was frequently observed in gorillas, followed by chimpanzees, mandrills, and mangabeys. Necator and Oesophagostomum co-infection was most frequently observed in chimpanzees and gorillas. Only one gorilla, one chimpanzee, and one greater spot-nosed monkey were infected with Trichuris sp. Among the Necator sequences, five different variants (NH1-NH5) of ITS2 were detected. The NH5 haplotype is clustered with a Necator sp. sequence from a human in the Central African Republic. The Oesophagostomum sequences clustered into three different clades probably representing three distinct species infecting the NHP studied. The Trichuris sequences were grouped into a clade containing sequences of T. trichiura and Trichuris sp. from humans and NHP.In conclusion, we detected for the first time the DNA of Mansonella sp. in the fecal material of NHP. This thesis provides data on the prevalence and genetic diversity of Mansonella sp. and GH in NHP from Cameroon and Gabon. As these data are not sufficient, future research should use several molecular markers and next-generation sequencing for better identification of Mansonella, Necator, and Oesophagostomum species infecting NHP. These studies should be expanded, not only to domestic animals but also to the human population living on the edge of parks.