Date : 2012
Type : Livre / Book
Type : Thèse / ThesisLangue / Language : anglais / English
Listeria -- Dissertation universitaire
Virulence -- Dissertation universitaire
ARN -- Dissertation universitaire
ARN antisens -- Dissertation universitaire
Transcriptome -- Dissertation universitaire
Collection : Lille-thèses / Atelier de reproduction des thèses / Lille : Atelier national de reproduction des thèses , 1983-2017
Résumé / Abstract : Listeria monocytogenes est une bactérie pathogène responsable de la listériose, une maladie d'origine alimentaire. Alors que de nombreuses protéines de L. monocytogenes ont été identifiées comme facteurs de virulence, le rôle des petits ARN régulateurs chez Listeria demeure méconnu. Mon projet de thèse avait pour objectif de découvrir de nouveaux concepts sur la régulation de l'expression des gènes impliquant des ARNs régulateurs jouant un rôle dans la virulence de Listeria. Mon travail a été basé sur deux approches distinctes. La première a concerné l'analyse comparative des transcriptomes de L. monocytogenes et de L. innocua, une espèce proche non-pathogène. La seconde a concerné la caractérisation de petits ARNs régulateurs et l'identification de leur rôle dans le processus infectieux.L'analyse comparative des deux transcriptomes a révélé une conservation de la majorité des transcrits, à l'exception d'une divergence significative entre les deux espèces pour un sous-ensemble d'ARN régulateurs non-codants. De manière surprenante, nous avons identifié une classe de longs transcrits antisens (lasARNs) qui chevauchent un gène tout en servant de S'UTR au gène adjacent divergent. La transcription du lasARN est à l'origine d'une régulation mutuellement exclusive de l'expression des gènes adjacents avec des fonctions opposées. Cette étude a été la première à comparer deux transcriptomes bactériens avec une résolution d'une seule base. Elle a conduit à la découverte chez L. monocytogenes de 33 nouveaux petits ARNs et 53 asARNs et à l'identification d'une structure lasRNA /opéron que nous avons appelé « excludon» qui pourrait représenter une nouvelle forme de régulation chez les bactéries.J'ai également effectué une analyse sur plusieurs petits ARNs en combinant des approches de transcriptomes, des modèles d'infection chez la souris et en utilisant des algorithmes de prédiction de cibles des ARNs. J'ai ainsi identifié et caractérisé cinq petits ARNs qui sont importants pour la virulence de Listeria. Au cours de cette analyse, j'ai caractérisé en détail RliB, un ARN à double fonction pouvant agir comme un élément CRISPR et comme un ARN régulateur impliqué dans la régulation de l'homéostasie du fer chez Listeria. Nous avons ainsi réalisé la première étude détaillée d'un élément CRISPR impliqué dans la régulation d'un processus cellulaire fondamental autres que l'immunité contre les bactériophages
Résumé / Abstract : Listeria monocytogenes is a bacterial pathogen responsible for listeriosis, a food-borne disease. In contrast to the significant advances in identifying proteins involved in virulence, relatively little is known about the role of sRNAs in L. monocytogenes pathogenesis. The aim of my thesis project was to discover new concepts in RNA-mediated gene expression regulation with a role in Listeria virulence. My work was based on two distinct approaches. The first one involved global transcriptomic studies of L. monocytogenes and its non-pathogenic relative, Listeria innocua while the second one concerned the characterization of individual sRNAs and the identification of their role in the infectious process.First, our comparative transcriptome analysis revealed conservation across most transcripts, but significant divergence between the species in a subset of non-coding sRNAs. This study was the first to compare two bacterial transcriptomes at a single-base resolution. Pt led to the discovery of 33 new sRNAs and 53 new asRNAs in L. monocytogenes. Remarkably, we identified a class of long antisense transcripts (lasRNAs) that overlap one gene while also serving as the 5'UTR of the adjacent divergent gene. IasRNA transcription leads to the mutually exclusive regulation of the adjacent genes with opposite functions. This IasRNA/operon structure that we named "excludon" might represent a novel form of regulation in bacteria.Second, we conducted an analysis on several sRNAs by combining transcriptomic approaches, target prediction algorithm and mouse model of infection. I thus identified and characterized five sRNAs that are important for Listeria virulence. Furthermore, I focused on the detailed characterization of RIiB, a dual-function regulatory RNA that acts as a CRISPR element and a regulatory RNA involved in Listeria iron homeostasis regulation, providing the first detailed study of CRISPR element regulating fundamental cellular processes other than acting as a bacteriophage defense system