Etude de la diversité génétique intraspécifique chez la bactérie lactique Œnococcus œni / Eric Bilhère ; sous la direction de A. Lonvaud-Funel

Date :

Type : Livre / Book

Type : Thèse / Thesis

Langue / Language : français / French

Lactobacillaceae -- Génétique

Variabilité génétique

Plasmides

Fermentation malolactique

Lonvaud, Aline (1947-....) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Université Bordeaux-II (1971-2013) (Organisme de soutenance / degree-grantor)

Relation : Etude de la diversité génétique intraspécifique chez la bactérie lactique Œnococcus œni / Eric Bilhère ; sous la direction de A. Lonvaud-Funel / Lille : Atelier national de reproduction des thèses , 2009

Résumé / Abstract : La bactérie lactique Œnococcus œni joue un rôle essentiel lors de la vinification. Grâce à son aptitude à survivre à des pHs acides et des concentrations élevées en alcool, elle devient rapidement l'espèce majoritaire qui assure presque seule la fermentation malolactique. Toutefois, il existe naturellement une grande diversité de souches qui diffèrent par leur vitesse de croissance, leur efficacité fermentaire ou encore leur production d'arômes. Afin de mieux comprendre l'origine de ces variations phénotypiques, nous avons étudié plusieurs aspects de la diversité génétique intraspécifique d'Œ. œni. Premièrement, nous avons analysé la structure de population des souches d'Œ. œni en réalisant un double typage par séquençage multilocus et électrophorèse en champ pulsé. Ce travail révèle une espèce particulièrement conservée en termes de séquences, mais qui présente néanmoins une importante diversité génotypique en raison d'événements de recombinaison fréquents. D'autre part, nous avons mis en évidence deux sous-populations de souches distinctes par leurs répertoires alléliques et leurs profils de digestion. Deuxièmement, grâce à une approche par hybridation soustractive suppressive nous avons dressé un catalogue d'une centaine de gènes spécifiques de certaines souches d'Œ. œni. L'un d'entre eux, le gène dpsA, intervient d'ailleurs dans la réponse au stress oxydatif et favorise la survie bactérienne dans le vin. Troisièmement, nous avons caractérisé un plasmide de 18 Kb isolé chez une souche commerciale d'Œ. Œni. ll s'agit d'un plasmide de type thêta à faible nombre de copies. L'analyse de sa séquence révèle de fortes homologies avec des plasmides d'autres bactéries lactiques retrouvées dans le vin.

Résumé / Abstract : The lactic acid bacterium Œnococcus œni plays a key role in winemaking. Since it can survive to acidic pHs and to high concentrations of alcohol, it quickly becomes the predominant species which performs the malolactic fermentation. However, there is a great natural diversity of strains which differ in terms of growth rate, fermentation efficiency or production of aromatic compounds. To better understand the origins of these phenotypic variations, we have studied several aspects of the intraspecific genetic diversity of Œ. œni. First, we have analyzed the population structure of Œ. œni strains using a dual approach involving multilocus sequencing and pulsed-field gel electrophoresis. This work revealed a species particularly well conserved in terms of sequences, but which shows a significant genotypic diversity due to frequent recombination events. In addition, we have detected two sub-populations distinguishable by their allelic repertories and their profiles of macrodigestion. Second, using suppressive subtractive hybridization, we have established a catalog of genes specific to certain strains of Œ. œni. The characterization of one of them, the mobile dpsA gene, revealed that it is involved in the response to oxidative stress and promotes bacterial survival in wine. Third, we have characterized a 18 Kb plasmid isolated from a commercial Œ. œni strain. This is a theta replicating and low copy number plasmid. Analysis of its sequence has revealed strong homologies with plasmids of other lactic acid bacteria frequently found in wine.