Date : 2008
Type : Livre / Book
Type : Thèse / ThesisLangue / Language : français / French
Résumé / Abstract : Le virus de l'immunodéficience humaine de type 1 est un virus infection responsable d'une pandémie incurable. Les traitements actuels permettent, malgré des effets secondaires importants, de contenir la maladie associée, le SIDA. Nous avons développé au laboratoire une stratégie combinatoire (SELEX) dans le but d'isoler de petits ODN présentant une haute affinité pour la RNase H. Gardant en tête que le domaine RNase H et le core catalytique de l'IN soont structuralement proches, ces aptamères ont été testés pour leur capacité à inhiber l'IN. Le 93del inhibe spécifiquement les activités in vitro de l'IN mais également la réplication virale dans le contexte de cellules humaines infectées. Le mécanisme d'action ex vivo de cet inhibiteur a été étudié. La quantification des différents acides nucléiques viraux montre que le 93del a une action multimodale sur la réplication virale (entrée, transcription inverse, intégration). L'étude de l'entrée du 93del dans les cellules humaines révèle que le virus est capable d'augmenter l'entrée de l'inhibiteur dans différentes lignées de manière indépendante du CD4. Pour étudier spécifiquement le mécanisme d'inhibition du 93del dans le milieu intracellulaire, des expériences de transfections ont été réalisées. Dans ces conditions, le 93del inhibe l'étape d'intégration de manière plus spécifique. D'un autre côté, les petits ligands comme le 93del, peuvent être utilisés pour stabiliser l'IN dans des essais de cristallisation. Plusieurs cristaux d'IN en complexe ou non avec le 93del ont été obtenus. La résolution de la structure de l'IN entière sauvage serait alors une avancée importante permettant l'élaboration de nouveaux inhibiteurs.
Résumé / Abstract : Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) is a pandemic infectious virus. Incurable disease associate can almost be contained with several treatments. Secondary effects are important and resistant virus appears quickly. We developed in the laboratory combinatorial strategies (SELEX) to isolate ODN with high affinity for RNase H. Keeping in mind that RNAse H and IN core are structurally homologous, ODN were tested in IN inhibition assays. 93 del (dimeric G quadraduplex) inhibit specifically in vitro IN activities and is able to inhibit HIV replication in human infected cells. This ex vivo mechanism of inhibition by 93del was studied. 93del seems to inhibit early steps of replication in a multi-target way (entry, reverse transcription and integration). 93del entry in human cells was then evaluated. HIV-1 viral particles enhance ODN entrance in several cells line in a CD4 independent manner. Transfection of 93del was performed prior to infection. In these conditions, we can observe diminution of viral DNA integrated whereas total DNA keep constant. A new step in this study will be to determinate 93del availability in vivo and in a viral context to see if the molecule in current form could be attractive for therapy. Short ligands like ODN can be used to stabilize IN in crystallization assays. Entire IN without mutation was prepared in S. cerevisiae. Several crystals (enzyme alone or in complex with 93del) were obtained. Resolution of the IN structure would be an important step to design specific inhibitor more easily.