Date : 2007
Editeur / Publisher : Chambéry : Université de Savoie , 2007
Type : Livre / Book
Type : Thèse / ThesisLangue / Language : français / French
Résumé / Abstract : L'analyse de la composition de la communauté picoeucaryotique (<5 mm), realise dans plusieurs systèmes lacustres différant par leur statut trophique, leur taille, leur morphologie et leur géographie, a permis d' obtenir une première estimation de la diversité de ces microorganismes. L 'étude de leur dynamique, au cours de deux années consécutives dans un lac oligo-mésotrophe, a permis d'observer l'évolution saisonnière et les relations s'établissant entre les variations spatio-temporelles de la structure des picoeucaryotes et celles des facteurs environnementaux susceptibles de les réguler. Les résultats relatifs aux facteurs de régulation ont par ailleurs été complétés par une étude expérimentale en mésocosmes. La méthode moléculaire de clonage séquençage a été utilisée pour la caractérisation des différents clades, de plus, cette méthode a été couplée à la technique de T -RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) pour étudier la dynamique saisonnière de la communauté picoeucaryotique. Enfin, la méthode TSA-FISH (Tyramide Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization) a été utilisée pour identifier et quantifier des groupes d'eucaryotes cibles. Ces travaux ont révélé une grande diversité parmi ces cellules de petite taille. La richesse et la diversité les plus élevées ont été observées dans les lacs de statut trophique intermédiaire (lac mésotrophe). A l'issue de ce travail, il apparaît toutefois que les écosystèmes étudiés présentent des spécificités communes. En effet, leur communauté picoeucaryotique est toujours dominée par un faible nombre de taxons, et la majorité des séquences lacustres obtenues sont affiliées a des groupes hétérotrophes (84% des séquences). Parmi ces organismes hétérotrophes, on note, l'importance des séquences affiliées à des groupes parasites, notamment les Champignons et les Perkinsozoa. Des comparaisons avec les groupes recensés en milieux marins ont pu être établies, ainsi, il apparaît que les nouveaux clades définis dans les écosystèmes océaniques (Stramenopiles et Alveolata) ne sont pas présents dans les écosystèmes lacustres
Résumé / Abstract : The composition and structure of small eukaryotes (size less than 5 mm was considered) were studied in several lakes which are characterised by contrasted trophic status, size, morphology and geography. The results allowed to obtain a first assessment of diversity and a first characterisation of lacustrine clades. The dynamics of these micro-organisms was studied during a two years long survey in an oligomesotrophic lake, allowing to observe both the seasonal changes and the relationships between modifications in small eukaryotes structure and changes measured for environmental parameters (physical, chemical, biological). Moreover, the relative importance of regulatory factors which affect small eukaryotes structure were tested using a mesocosms experimental approach. Cloning sequencing and T-RFLP were two molecular methods which were used to describe the composition and dynamics of the small eukaryote community both in ecosystemic and experimental approaches. Moreover, the TSA-FISH method was used to identify and count some specific groups of small eukaryotes. The results revealed a large diversity (number of phylogenetic groups) within the picoeukaryotic assemblage. The highest richness and diversity were reported for the mesotrophic lake. In all studied lakes, the small eukaryotes community was dominated by a small number of taxa, and sequences were mainly affiliated to heterotrophic groups. Among these heterotrophs, we highlight the importance of parasitic groups, mainly fungi and Perkinsozoa. On the basis of our data, the comparisons with small eukaryote groups observed in marine systems showed that the new clades found in oceanic systems (Stramenopiles and Alveolata) were not observed in lakes. Moreoever, large seasonal variations could be observed in the structure of small eukaryotes but, no seasonal reproducibility of small eukaryote community was observed from one year to the next