Etude par simulation de dynamique moléculaire de la variabilité conformationnelle du dimère de la séquence SL1 du génome de VIH-1 / par Samia Aci ; sous la direction de Daniel Genest

Date :

Type : Livre / Book

Type : Thèse / Thesis

Langue / Language : français / French

VIH (virus)

Dynamique moléculaire

Dimères

Genest, Daniel (Directeur de thèse / thesis advisor)

Paoletti, Jacques (1942-....) (Président du jury de soutenance / praeses)

Morin-Allory, Luc (Membre du jury / opponent)

Ghomi, Mahmoud (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Lavery, Richard (1952-....) (Rapporteur de la thèse / thesis reporter)

Université d'Orléans (1966-....) (Organisme de soutenance / degree-grantor)

Relation : Etude par simulation de dynamique moléculaire de la variabilité conformationnelle du dimère de la séquence SL1 du génome de VIH-1 / par Samia Aci ; sous la direction de Daniel Genest / Villeurbanne : [CCSD] , 2005

Relation : Etude par simulation de dynamique moléculaire de la variabilité conformationnelle du dimère de la séquence SL1 du génome de VIH-1 / par Samia Aci ; sous la direction de Daniel Genest / Grenoble : Atelier national de reproduction des thèses , 2004

Résumé / Abstract : Le génome du VIH-1, l'agent responsable du SIDA, est composé de deux molécules identiques d'ARN liées de façon non-covalente par une région de leur extrémité 5'. Il a été montré que la tige-boucle SL1, localisée dans cette région, était capable d'initier cette dimérisation. La dimérisation constitue une étape clé du cycle de réplication du virus et fait intervenir deux types de complexe de SL1 : un « kissing-complex » et un complexe en forme de double hélice contenant deux boucles internes. Plusieurs structures contradictoires ont été publiées pour ces deux complexe, et différents mécanismes de transition entre ces complexes ont été envisagés jusque là. Ce travail a permis d'étudier la stabilité des différentes structures publiées, et en particulier de faire ressortir de l'ensemble des structures de « kissing-complex » publiées une conformation plus probable. Parallèlement, l'étude du mécanisme de transition a mis en évidence une structure intermédiaire dans ce processus. Ce travail constitue un ensemble d'informations qui pourra par la suite être utilisé pour la conceptions d'inhibiteurs de la dimérisation.