Le champ de force SPASIBA de saccharides : Sa paramétrisation et son application à l'étude en dynamique harmonique et dynamique moléculaire du chitobiose et du chitohexaos / par Isabelle Kouach-Alix ; sous la dir. de Gérard Vergoten

Date :

Editeur / Publisher : [S.l.] : [s.n.] , 1994

Type : Livre / Book

Type : Thèse / Thesis

Langue / Language : français / French

Glucides

Dynamique moléculaire

Classification Dewey : 530

Vergoten, Gérard (Directeur de thèse / thesis advisor)

Université Lille 1 - Sciences et technologies (Villeneuve-d'Ascq ; 1970-2017) (Organisme de soutenance / degree-grantor)

Relation : Le champ de force SPASIBA de saccharides : Sa paramétrisation et son application à l'étude en dynamique harmonique et dynamique moléculaire du chitobiose et du chitohexaos / par Isabelle Kouach-Alix ; sous la direction de Gérard Vergoten / Grenoble : Atelier national de reproduction des thèses , 1994

Résumé / Abstract : Au cours de notre travail, nous avons determine les parametres de la fonction energie potentielle, en utilisant le champ de forces urey-bradley-shimanouchi modifie, pour les monosaccharides suivants: le methyl-alpha-mannoside, la n-acetyl-alpha-glucosamine, l'acide n-acetyl-alpha-muramique, l'acide n-acetyl-beta neuraminique ainsi que pour la liaison n-glycosidique. Ces parametres sont ensuite utilises pour le champ de forces spasiba dont la fiabilite est demontree par l'etude en dynamique harmonique de la n-acetyl-alpha-glucosamine et du n,n-diacetyl-chitobiose. Puis differentes simulations moleculaires du n,n-diacetyl-chitobiose ont ete effectuees en utilisant des constantes dielectriques differentes. Les resultats, compares a ceux obtenus avec le champ de forces amber, permettent de conclure que le champ de forces amber, n'est adapte aux saccharides, que les cycles pyraniques sont rigides, mais, pas les entites monosaccharidiques, et qu'aucune representation de la constante dielectrique ne permet de mimer les effets de l'eau. Enfin, une simulation de 64 ps du chitohexaose effectuee dans l'eau avec le champ de forces spasiba ne permet pas de mettre en evidence la distorsion du cycle d de cette molecule.