MISE EN OEUVRE DE LOGICIELS DE COMPARAISON DE SEQUENCES BIOLOGIQUES SUR DES MACHINES SPECIALISEES SYSTOLIQUES. APPLICATION A L'ANALYSE DE GENOMES / PASCALE GUERDOUX JAMET ; SOUS LA DIRECTION DE JEAN-LOUP RISLER

Date : 1997

Editeur / Publisher : [S.l.] : [s.n.] , 1997

Format : 233 P.

Type : Livre / Book

Langue / Language : français / French

Risler, Jean-Loup (1943-....) (Directeur de thèse / thesis advisor)

Université Pierre et Marie Curie (Paris ; 1971-2017) (Organisme de soutenance / degree-grantor)

Relation : MISE EN OEUVRE DE LOGICIELS DE COMPARAISON DE SEQUENCES BIOLOGIQUES SUR DES MACHINES SPECIALISEES SYSTOLIQUES. APPLICATION A L'ANALYSE DE GENOMES / Pascale Guerdoux Jamet ; sous la direction de Jean-Loup Risler / Grenoble : Atelier national de reproduction des thèses , 1997

Résumé / Abstract : MON TRAVAIL PROTE SUR LA MISE EN UVRE DE LOGICIELS DE COMPARAISON DE SEQUENCES BIOLOGIQUES SUR DES MACHINES SPECIALISEES. LES ALGORITHMES UTILISES SONT CEUX TRADITIONNELLEMENT EMPLOYES POUR FAIRE DE LA RECHERCHE DE SIMILITUDE ET/OU D'HOMOLOGIE DANS LES BANQUES (FASTA, BLAST, SMITH & WATERMAN). LES MACHINES SPECIALISEES BATIES SUR LE MODELE SYSTOLIQUE, APPORTENT DES SOLUTIONS AUX PROBLEMES DE TEMPS DE CALCUL SANS ENTRAINER DE DEGRADATION DANS LA QUALITE DES RESULTATS. DEUX PROTOTYPES SONT ETUDIES : LE PREMIER, HSCAN, ACCELERE LES ALGORITHMES DE COMPARAISON SANS INSERTION/ DELETION ; IL EST MIS EN UVRE A L'AIDE D'UNE TECHNOLOGIE FPGA (LOGIQUE RECONFIGURABLE). LE SECOND, SAMBA, ACCELERE TOUS LES ALGORITHMES DE COMPARAISON ET EST CONSTRUIT SUR LA BASE D'UN RESEAU DE PROCESSEURS DEDIES. LES PERFORMANCES SUIVANTES SONT OBTENUES : ACCELERATION DE FASTA ET BLAST UTILISES AVEC LEUR SENSIBILITE MAXIMALE D'UN FACTEUR POUVANT ALLER RESPECTIVEMENT JUSQU'A 130 ET 15 GRACE A HSCAN ; ACCELERATION DE SSEARCH POUVANT ALLER JUSQU'A 200 POUR SAMBA. CES PERFORMANCES SONT D'AUTANT PLUS ELEVEES QUE LE VOLUME DE DONNEES A TRAITER EST IMPORTANT. DEUX APPLICATIONS SUR DES PROBLEMES BIOLOGIQUES SONT PRESENTEES. LA PREMIERE EST UNE ANALYSE EXHAUSTIVE DES SEQUENCES ANONYMES DE SACCHAROMYCES CEREVISIAE. LA SECONDE EST UN TRAVAIL PLUS GENERAL SUR LE GENOME DE ESCHERICHIA COLI. LA MACHINE SAMBA A PERMIS LA CONSTRUCTION DE FAMILLES D'HOMOLOGIE ENTRE LES PROTEINES DE E. COLI. CES FAMILLES ONT ETE INTEGREES DANS UN SERVEUR METALGEN, QUI REGROUPE DE MULTIPLES SOURCES D'INFORMATIONS SUR LE GENOME DE E. COLI, TELLE QUE L'UTILISATION DES CODONS DANS LES SEQUENCES CODANTES. CE SERVEUR A PERMIS D'ANALYSER LA STRATEGIE D'UTILISATION DES CODONS CHEZ E. COLI EN PARTICULIER DANS CERTAINS SOUS SYSTEMES BIOLOGIQUES COMME LES SYSTEMES DE TRANSPORT, LES COMPLEXES MULTIENZYMATIQUES OU ENCORE LES CHAINES DE BIOSYNTHESE.